故事圍繞著主角萊恩展開，他生活在一個鍊金術高度發達的世界，但這個世界並非人人都能平等地運用鍊金術。鍊金術的使用需要「原素」——一種存在於人體內的特殊能量，而萊恩的原素極其稀薄，幾乎無法進行鍊金術操作。他被稱為「無鍊金者」，在社會底層掙扎求生。

然而，萊恩並非毫無價值。他擁有著一種極其罕見的「讀取」能力，可以感知並理解鍊金術構造，甚至能夠「複製」他人的鍊金術。但複製並非完美，他複製的鍊金術往往存在缺陷，會產生各種副作用，甚至危及自身性命。為了生存和尋找自身價值，萊恩不得不冒險進行鍊金術複製，並以此為生。

故事的開端，萊恩接受了一份危險的委託——複製一位強力鍊金術師的「武裝鍊金」。武裝鍊金是一種將鍊金術力量賦予武器，從而大幅度提升武器性能的特殊技術。這個委託看似簡單，實則暗藏玄機。委託人並非表面看上去那麼簡單，而那位強力鍊金術師也隱藏著不為人知的秘密。

在複製武裝鍊金的過程中，萊恩遇到了形形色色的人，有為了利益不擇手段的商人，有隱居世外的鍊金術大師，有追尋真相的調查員，也有為了復仇而行動的神秘組織。他逐漸發現，這個世界並非表面看上去那麼和平安寧，權力鬥爭、陰謀詭計、黑暗勢力，都在暗流涌動。

萊恩在一次次冒險和挑戰中，不斷突破自身極限，逐漸掌握了複製武裝鍊金的技巧，並開始研究如何克服複製過程中的副作用。他不再僅僅是為了生存而複製鍊金術，而是為了揭開世界的真相，尋找自身存在的意義。

隨著故事的深入，萊恩的身世之謎也逐漸浮出水面。他並非普通的無鍊金者，而是擁有著特殊血脈的後裔，這種血脈賦予了他獨特的「讀取」能力，但也讓他成為了各方勢力爭奪的目標。

在最終的決戰中，萊恩將面對強大的敵人，他必須利用自己的特殊能力，克服自身的弱點，才能戰勝敵人，守護自己珍視的人，並揭開隱藏在世界背後的巨大陰謀。

《武裝鍊金》並非一部單純的熱血戰鬥動畫，它更注重對人性和社會問題的探討。動畫通過萊恩的視角，展現了一個充滿黑暗和陰謀的世界，以及在黑暗中掙扎求生的人們。它探討了權力、慾望、背叛、信任、友誼等多個主題，引發人們對社會和人生的思考。