春日野步，一個從小到大都只專注於研究的科學少女，對戀愛一無所知。在一次偶然的機會下，她得知自己是名門望族春日野家的繼承人，而繼承條件卻十分奇特——必須在高中三年內，讓至少一個男生愛上自己。這突如其來的狀況，將原本一心只想搞研究的步，捲入了一場啼笑皆非的戀愛漩渦。

故事圍繞著步為了完成家族任務，積極主動地去攻略各種類型的男生展開。她最初的想法是，戀愛就像一個科學實驗，只要掌握了正確的步驟和數據，就能成功。於是，她開始對不同男生的性格、喜好進行分析，並制定相應的攻略計劃。

然而，現實遠比她想像的複雜。攻略對象們個性鮮明，有的性格內向害羞，有的熱情奔放不羈，有的則看似冷酷難以接近。步的「科學攻略」經常以失敗告終，鬧出了不少笑話，也讓她逐漸認識到，戀愛並非僅僅依靠數據和公式就能成功的。

在攻略過程中，步結識了各式各樣的朋友和同學。英氣逼人的早乙女、溫柔體貼的夏野、充滿神秘感的青木等等，每一個人都對步產生了不同程度的影響。隨著時間的推移，步開始逐漸理解「愛」的真諦，也開始思考自己真正想要的是什麼。

除了步的戀愛故事，動畫還穿插了許多輕鬆搞笑的日常情節。例如，步嘗試製作各種奇怪的戀愛藥水，或者進行各種匪夷所思的實驗，都充滿了歡樂的氣氛。

隨著劇情的發展，步對攻略對象的了解越來越深入，也開始對他們產生了微妙的情感。最終，她會選擇哪一個男生呢？這段充滿歡笑、淚水和成長的戀愛之旅，又會給她帶來怎樣的改變呢？《草莓100%》用輕鬆幽默的方式，展現了一個科學少女探索愛情的道路，也帶給觀眾們關於青春、友情和成長的感動。